En una reunión que celebró el Patronato del Monasterio Alto en el palacio episcopal de Jaca el 28 de julio de 1947 para reanimar la actividad del mismo Patronato, surgió, entre otras, la iniciativa de crear una asociación de caballeros, bajo la jurisdicción episcopal, que tuviese como finalidades la promoción del culto público a san Juan Bautista en aquel venerado lugar, la perfección cristiana de sus miembros, la difusión de cuanto representan los monasterios y promover su restauración en vistas a la instalación de una congregación religiosa.
Con motivo de la festividad del martirio de san Juan Bautista, 24 de junio de 1949, en el Monasterio Alto, monseñor José María Bueno Monreal, obispo de Jaca, firmaba el Decreto de erección de la Hermandad de Caballeros de San Juan de la Peña. Al mismo tiempo, se constituía una junta gestora provisional formada por don Miguel Sancho Izquierdo, José María García Belenguer, José María Sánchez Ventura, Fernando Solano, Juan Lacasa, José Sinués, José Antonio Cremades, Eduardo Cativiela, Antonio Uceda, Moisés García Lacruz y Joaquín Albareda.
El mismo don José María Bueno Monreal, preconizado ya obispo de Vitoria, aprobó los Estatutos el 25 de agosto de 1950. Los Estatutos, en su 50º aniversario, fueron actualizados y entre otras modificaciones se cambió el nombre inicial de la institución por el de Hermandad de San Juan de la Peña.
S.M. el Rey don Juan Carlos I, el 9 de junio de 2009, tuvo a bien conceder el título de “Real” a nuestra Hermandad, de modo que su denominación completa es “Real Hermandad de San Juan de la Peña”.
Desde 1972 don Juan Carlos de Borbón, entonces Príncipe de España, es Hermano Mayor Honorario. La Hermandad desea vivamente que pueda producirse el momento oportuno para que, igual que ya hizo don Alfonso XIII en 1903, S.M. el Rey pueda visitar este lugar tan unido al nacimiento de uno de sus reinos.
La Hermandad cuenta con dos distintivos que identifican y uniforman a sus miembros: la insignia-escudo y la capa-hábito. La insignia incorpora el Agnus Dei y el Santo Grial. La capa-hábito es de color azul esmalte y lleva, a la altura del corazón, el escudo de la Hermandad.
La Hermandad en la actualidad cuenta con más de 500 Caballeros y Damas, y ha sido durante estos sesenta y siete años años una gran valedora de lo que el conjunto pinatense supone para la historia de Aragón.
Fue primer Hermano Mayor don Miguel Sancho Izquierdo; le sucedió en 1970 don José Joaquín Sancho Dronda; en 1999, D. Emilio Eiroa García; y en 2013, D. Félix Longás Lafuente, quien continúa siéndolo en la actualidad.
La Hermandad celebra anualmente su fiesta titular en torno al 24 de junio, festividad de san Juan Bautista, nuestro patrón; los actos tienen lugar en los dos monasterios, con un cuidado ceremonial, sencillo pero solemne, que comprende la Misa, la ofrenda a san Juan Bautista, el homenaje a los Reyes de Aragón allí enterrados, la investidura de los nuevos Caballeros y Damas de la Hermandad y la comida de hermandad.
A lo largo del año se desarrollan diversas actividades orientadas unas a fomentar y practicar la convivencia entre los miembros de la Hermandad y otras a difundir el conocimiento de cuanto San Juan de la Peña representa y atraer el interés y la devoción hacia él (Jornadas de estudio, visitas a lugares emblemáticos, excursiones, cenas-coloquio, etc.).